La pulizia dello scambiatore entalpico avviene in pochi semplici passaggi:

1. Innanzitutto aspirare lo scambiatore con un aspirapolvere dotato di spazzola morbida.
2. Successivamente risciacquarlo con acqua pulita (max. 50 °C).
3. Non utilizzare aria compressa né idropulitrici.
4. Dopo il risciacquo lasciare defluire l’acqua naturalmente.
5. L’umidità residua può essere rimossa con un asciugacapelli – solo aria fredda.
6. Una volta completamente asciutto, reinserire lo scambiatore nella stessa posizione.

I detergenti chimici non sono raccomandati. Solo in caso di necessità di disinfezione dello scambiatore è possibile utilizzare una soluzione debole di acido peracetico (CH₃CO₃H) con concentrazione 0,1–0,2 %, che deve poi essere accuratamente risciacquata con acqua pulita.