Het reinigen van een enthalpiewisselaar gebeurt in enkele eenvoudige stappen:

1. Stofzuig eerst de wisselaar met een stofzuiger met een zachte borstelkop.
2. Spoel deze vervolgens af met schoon water (max. 50 °C).
3. Gebruik geen perslucht of hogedrukreiniger.
4. Laat na het spoelen al het water vanzelf weglopen.
5. Restvocht kan worden verwijderd met een föhn – alleen met koude lucht.
6. Plaats de wisselaar na volledige droging terug in dezelfde positie.

Chemische reinigingsmiddelen worden niet aanbevolen. Alleen indien desinfectie van de wisselaar noodzakelijk is, kan een zwakke oplossing van perazijnzuur (CH₃CO₃H) met een concentratie van 0,1–0,2 % worden gebruikt, die daarna grondig met schoon water moet worden afgespoeld.