Rengøring af en entalpiveksler sker i få enkle trin:

1. Støvsug først veksleren med en støvsuger med en blød børste.
2. Skyl den derefter med rent vand (max. 50 °C).
3. Brug ikke trykluft eller højtryksrenser.
4. Efter skylning skal vandet løbe frit af.
5. Restfugt kan fjernes med en hårtørrer – kun med kold luft.
6. Når den er helt tør, sættes veksleren tilbage i samme position.

Kemiske rengøringsmidler anbefales ikke. Kun hvis desinfektion af veksleren er nødvendig, kan en svag opløsning af pereddikesyre (CH₃CO₃H) i en koncentration på 0,1–0,2 % anvendes, som derefter skal skylles grundigt med rent vand.