Čistenie entalpického výmenníka prebieha v niekoľkých jednoduchých krokoch:

1. Najskôr výmenník vysajte vysávačom s mäkkým kefovým nadstavcom.
2. Následne ho prepláchnite čistou vodou (max. 50 °C).
3. Nepoužívajte stlačený vzduch ani tlakovú umývačku.
4. Po oplachu nechajte vodu samovoľne odtiecť.
5. Zvyšnú vlhkosť môžete odstrániť fénom – iba studeným vzduchom.
6. Po úplnom vyschnutí vložte výmenník späť v rovnakej orientácii.

Chemické prostriedky na čistenie neodporúčame. Iba v prípade potreby dezinfekcie výmenníka je možné použiť slabý roztok kyseliny peroctovej (CH₃CO₃H) s koncentráciou 0,1–0,2 %, ktorý je potrebné následne dôkladne opláchnuť čistou vodou.