Czyszczenie wymiennika entalpicznego przebiega w kilku prostych krokach:

1. Najpierw odkurz wymiennik odkurzaczem z miękką końcówką szczotkową.
2. Następnie przepłucz go czystą wodą (maks. 50 °C).
3. Nie używaj sprężonego powietrza ani myjki ciśnieniowej.
4. Po płukaniu pozostaw wodę do swobodnego spłynięcia.
5. Resztki wilgoci możesz usunąć suszarką do włosów – tylko zimnym powietrzem.
6. Po całkowitym wyschnięciu włóż wymiennik z powrotem w tej samej orientacji.

Środki chemiczne do czyszczenia nie są zalecane. Tylko w razie konieczności dezynfekcji wymiennika można użyć słabego roztworu kwasu nadoctowego (CH₃CO₃H) o stężeniu 0,1–0,2 %, który należy dokładnie spłukać czystą wodą.