Az entalpiás hőcserélő tisztítása néhány egyszerű lépésből áll:

1. Először porszívózza ki a hőcserélőt puha kefés fejjel ellátott porszívóval.
2. Ezután öblítse le tiszta vízzel (max. 50 °C).
3. Ne használjon sűrített levegőt vagy magasnyomású mosót.
4. Öblítés után hagyja, hogy a víz szabadon kifolyjon.
5. A maradék nedvességet hajszárítóval eltávolíthatja – csak hideg levegővel.
6. Teljes száradás után helyezze vissza a hőcserélőt ugyanabban a pozícióban.

Vegyi tisztítószerek használata nem ajánlott. Csak szükség esetén, a hőcserélő fertőtlenítéséhez használható gyenge perecetsav-oldat (CH₃CO₃H) 0,1–0,2 % koncentrációban, amelyet ezután alaposan le kell öblíteni tiszta vízzel.