Entalpiavaihtimen puhdistus tapahtuu muutamassa yksinkertaisessa vaiheessa:

1. Imuroi ensin vaihdin pölynimurilla, jossa on pehmeä harjasuulake.
2. Huuhtele se sen jälkeen puhtaalla vedellä (max. 50 °C).
3. Älä käytä paineilmaa tai painepesuria.
4. Huuhtelemisen jälkeen anna veden valua pois itsestään.
5. Jäljelle jäävä kosteus voidaan poistaa hiustenkuivaajalla – vain kylmällä ilmalla.
6. Kun vaihdin on täysin kuiva, aseta se takaisin samaan asentoon.

Kemiallisia puhdistusaineita ei suositella. Ainoastaan tarvittaessa vaihtimen desinfiointiin voidaan käyttää heikkoa peretikkahappoliuosta (CH₃CO₃H) pitoisuudella 0,1–0,2 %, joka on huuhdeltava huolellisesti puhtaalla vedellä.