Membrana wymiennika entalpicznego działa tak samo z obu stron, dlatego orientacja samej membrany nie ma znaczenia. Ważne jest jednak, aby po czyszczeniu i ponownym montażu wymiennik był zawsze umieszczony w tej samej orientacji, tak aby kanały powietrza świeżego pozostały przypisane do powietrza świeżego, a kanały powietrza zużytego do powietrza wywiewanego.